Faço mestrado/doutorado e possuo bolsa (ex: CNPq, Faperj). Ao preencher formulário da Plataforma Brasil devo informar a agência de fomento fornecedora da bolsa como patrocinador da minha pesquisa?

Não. Neste caso, sua bolsa tem o objetivo de custeá-lo ao longo do curso, não é específica para financiar sua pesquisa.